Creo que lo que tu pretendes no es una segregación sino una división horizontal, ya que el término segregación en urbanismo se aplica solo a solares o parcelas. En tu caso lo que puedes hacer es dividir el edificio en dos fincas, como sería el caso, por ejemplo, de cualquier bloque de viviendas en el que cada una es una finca independiente aunque tengan elementos comunes. En cualquier caso deberás obtener una licencia municipal o bien una declaración de innecesariedad, para lo cual deberás presentar en tu Ayuntamiento un documento suscrito por un arquitecto en el que se detallen las condiciones en las que se quedan las nuevas fincas.