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No encuentro ningún motivo o norma que lo impida. De hecho, la mayoría de viviendas en España, tienen bomba de calor para refrigeración / calefacción , calefacción por radiadores y muchas de ellas añaden una chimenea de leña y siempre en partes diferencias de la vivienda.
Otro tema es el cálculo de la eficiencia energética de la vivienda, se te puede deteriorar mucho si utilizas energías no renovables o el nivel de aislamiento de la vivienda por escaso o inadecuado hace que se dispare la demanda energética.
Si el aislamiento es bueno y la eficiencia energética de los sistemas de calefacción o refrigeración es adecuada, no encuentro ningún motivo para no otorgar la cédula de habitabilidad.
Imagino que esa empresa de calefacción ha fundamentado de alguna manera esa respuesta.

Buenos días Mónica, tu puedes poner en tu casa lo que quieras, una habitación o una planta con suelo radiante y arriba bomba de calor o radiadores o lo que quieras, distinto es que no corresponda con lo proyectado que es con lo que se ha concedido la licencia de obras municipal, (También sería muy raro que el ayuntamiento en la inspección de fin de obra se meta en eso, pero si acaso se metiera, entonces te puedes encontrar con la situación (muy rara) de que el arquitecto tenga que reformar el proyecto (y te cobre o no) para aportar el cambio al ayuntamiento. De todas formas, los instaladores no tenemos que meternos en esa guerra que no es nuestra. (El ayuntamiento normalmente lo que más le interesa para la primera ocupación es el tema urbanístico, que la edificación respete las alineaciones, distancia a linderos y alturas, luego lo que pase dentro cuando es una sola vivienda normalmente no se meten) confío haber contribuido en algo. Un saludo.