Yo entiendo que si has dividido el piso, y quieres alquilar las unidades resuLtantes, cada una deberá disponer de su cédula de habitabilidad y su certificado energético, individual para cada uno. Para ello, necesitas tenir una referencia catastral, que no puede ser la misma, y para obtener esta referencia catastral ha de estar la obra inscrita en el catastro en base a una licencia de división.
Otra cosa es la inscripción registral, que realmente no se pide para estos documentos, aunque si que es conveniente para demostrar la propiedad. Si dispones de Licencia de obras para la división, ya puedes solicitar la inscripción catastral en el Catastro, y con el número que te adjudiquen ya puedes tramitar la Cédula y el certificado energético, y con esos dos documentos, alquilar. Este proceso es tanto o más lento que la inscripción registral, pero es este precisamente el imprescindible para obtener cédula y certificado energético.

Hola Ainhoa,
Tanto escriturar como inscribir tus pisos en el registro de la propiedad no es un acto obligatorio, sino voluntario, aunque conveniente para poder demostrar que la propiedad es tuya. Así que, para que alquiles las viviendas, no es estrictamente necesario que esperes, a no ser que se desee inscribir el arrendamiento en el registro de la propiedad, cuestión con la que te aventajarías de un procedimiento simplificado para la recuperación del inmueble en caso de que no se pague la renta.
Pero eso sí, para poder alquilarlos necesitarás que los inmuebles cumplan con sus propios requisitos legales, tales como la licencia de primera ocupación (se consideran como dos viviendas nuevas), cédula de habitabilidad y certificado de eficiencia energética.
Un saludo.