Normalmente las immobiliarias cobran el importe correspondiente a una mensualidad como honorarios, eso lo cobran en el momento de la firma del contrato.
También es normal que te suban el alquiler en un porcentaje correspondiente al IPC anual. El IPC interanual general de 2017 es del 3%, si la subida es del 3% seria correcto. De todos modos eso debe especificarlo el contrato de arrendamiento, en las clausulas.