Hola Natalia, si la obra esta en curso, con licencia y ejecutándose, el arquitecto sigue siendo el responsable de la obra como dirección facultativa, es quien os dará el final de obra y debe supervisar según habéis acordado la correcta ejecución de la misma. Cualquier cambio deberéis comunicarlo y consensuarlo con él. SI se realizan cambios sin su consentimiento y notificación , se llegaría a disputas legales en las que no tendríais ventaja. A parte de los problemas legales, ten en cuenta que esos cambios, al no ser supervisados por un técnico superior competente, pueden tener consecuencias estructurales que afecten la seguridad de los humanos, conllevando así más problemas que seguramente no necesitas.
Una vez presentados los cambios que queréis hacer, si el arquitecto accede a ellos se haría una modificación de proyecto hacia las instituciones responsables y ya esta. Saludos.