Hola, podrías registrarlo, ya que solo varías dicha instalación, por lo que sería viable realizar el CEE anterior a la reforma.
Pero tendrías que tenerlo registrado con carácter anterior a la fecha de facturación, y posteriormente registrar el nuevo.

El certificado energético inicial, tiene que hacerse antes de la reforma y registrarse. Al ser registrado, queda la fecha de realización, por lo que no puede ser posterior al final.
El inicial, tiene que ser antes de realizar ninguna obra en la vivienda y más cuando hablamos de obras que suponen un tipo de ahorro energético, como es este caso.
Una vez hechas las obras, se han modificado las condiciones energéticas de la vivienda.
Si se va a solicitar un tipo de subvención al respecto, en este tema son muy claros y concisos, además de exigentes al respecto.
Espero haber aclarado la duda

Habría que verlo, y depende del Certificador Energético.
En general si se pueden registrar, habría que registrar el primero sin placas solares, esperar un tiempo y registrar el segundo con las placas solares haciendo una actualización del primero.
Las fechas del registro van a ser las reales, pero aún así deberían valer para Hacienda, ya que a esta lo que le interesa es la reducción de emisiones y del consumo de energía no renovable.

Para acreditarlo deberás disponer de un certificado de eficiencia energética de la vivienda emitido por el técnico competente antes del inicio de las obras (a estos efectos, será válido el emitido como máximo en los dos años anteriores al inicio de las obras) y, al final de las mismas.
https://sede.agenciatributaria.gob.es/Sede/vivienda-otros-inmuebles/deducciones-obras-mejora-eficiencia-energetica-viviendas/deduccion-obras-mejora-consumo-energia-renovable/que-obras-derecho-deduccion.html