Buenos días, Roger.
Hay algo que no me concuerda del caso.
En primer lugar, un duplicado de una cédula existente no puede tener NUNCA un dato diferente. Cédula "original" y "duplicados" son idénticos. Es más, hoy en día, las cédulas se expiden en formato pdf con marca de agua antifalsificatoria, y si se desea un duplicado, entonces de forma exclusivamente presencial, la Agencia d'Habitatge imprime el papel.
O bien se trataba de una cédula caducada y su renovada, como comenta el compañero Rubén (lo más probable), o bien sea la coincidencia de dos cédulas aprobadas del mismo inmueble, algo que es totalmente irregular y que es rarísimo que Habitatge no haya detectado (aunque a mí me pasó en un expediente entre 2000, la base de datos estaba incorrecta en un inmueble que tramité).
En todo caso, si la cédula tiene una superficie incorrecta y se puede demostrar con un plano firmado por el arquitecto, la cédula se puede anular con una instancia y tramitar otra nueva. Se necesita un permiso firmado por parte del propietario y que el arquitecto haga la gestión en su lugar.

Puedes hacer un Certificado de Arquitecto donde se recoja a superficie real. Con esto has de cambiar la escritura y/o el catastro y ponerlo todo al día. Un saludo y a tu disposición

Buenos dias.
En el documento de la cédula (tanto en el duplicado como en el del banco) deberia constar el periodo de tiempo durante el qual dicha cédula es vigente; su fecha de caducidad. Una posible explicación podria ser que una de las dos sea antigua y ya no es válida. Si ambas fueran cédula vigentes, deberias ponerte en contacto con el Departament de Habitatge para aclarar el tema.