Tal y como te responden anteriormente, yo en estos casos suelo recomendar a mis clientes realizar un certificado energético lo más parecido posible al que se tenía previamente aunque se registre a posteriori, incluyendo un informe firmado sobre la situación en el mismo, y esperar a que lo acepten.

Estimado Armando,
No se puede presentar un certificado energético "retrospectivo", es decir, de una fecha anterior a la de la visita real del inmueble.
Éste es uno de los caballos de batalla de las ayudas de IRPF, que dependen de la suerte de haber contratado un certificado energético en los dos últimos años, medida totalmente injusta y arbitraria, cuando con un sencillo estudio retrospectivo de la mejora bastaría.
Yo siempre recomiendo realizar ese certificado energético del "antes" sin la reforma y presentarlo a Hacienda. El "no" ya se tiene y ellos mismos ni siquiera están seguros de cómo aplicar la Ley, como muchos clientes míos han comprobado.