Carlos, se te redactaría solo un certificado energético.

Si cada local tiene licencia diferente, debe tener cada uno su certificado.

Buen día.
Con uno es suficiente si tiene la misma actividad, pero si un día necesita alquilar o vender por separado, tendrá que realizarlo por separado.

Tendrás que hacer certificado por cada referencia catastral, si son dos locales, supongo que tendrás dos referencias catastrales.

Buenos días Carlos, con un certificado energético te bastará porque de lo que se trata es de valorar cómo se comporta el local energéticamente. Esto desde un punto de vista técnico.

Lo que se deberá tener en cuenta en el certificado es la identificación correcta del local, pues tendrá dos referencias catastrales distintas, una para cada local, en el caso de que no se haya registrado en Catastro la unión de los dos locales en uno solo. También tendrás dos escrituras independientes para cada local si no has legalizado la fusión de ambos. Pero éstas son cuestiones administrativas, que conviene aclarar en el certificado energético para su correcta identificación del local, pero que no interfiere técnicamente en el resultado de la eficiencia energética que se obtenga.

Un saludo

Manuel García