Debes certificar las viviendas por un lado y el local por otro.
Si te fijas en la página del INEGA, en el procedimiento IN413D (edificios existentes), en el apartado de las tasas, hace referencia a
"parte de edificio destinados a otros usos (non residenciales)".
El suelo del primer piso no lo definiría dentro del programa, ya que realmente el bajo no es un "local no habitable".
Es un local con uso, por lo que es habitable. Otra cosa es que fuese un trastero/garaje, que entonces sí habría que definir esa partición horizontal.

Ojo, es mi criterio... Otros técnicos pueden tener un criterio distinto.
Pero yo llevo varios CEE tramitados así, y sin problema (y ya me ha caído una inspección en el primero que he firmado).

Buenos días.
En primer lugar informarle que el Certificado Energético para que sea válido tiene que hacerlo un técnico cualificado competente y registrarlo convenientemente en el registro de la Administración autonómica de la comunidad en que esté ubicada la vivienda.
En este caso hay que hacer el certificado energético de todo el edificio ya que se trata de un edificio que no está declarado en ruina, está parcialmente habitado. Que lleve alguna vivienda más de 30 años sin habitar no quiere decir que no se pueda considerar habitable.