Hola Maria,

el registro de CEE se hace ante la administración de la Comunidad Autónoma en la que está el inmueble.
Estas administraciones llevan registro de los certificados y se puede descargar la etiqueta del inmueble en la dirección electrónica habilitada que dispone cada CCAA, es información pública.
Si lo que quiere conseguir es copia del documento del CEE en si mismo, le recomiendo que se dirija al técnico que redactó y/o hizo el registro en la administración.
También se lo deben facilitar con la documentación que le hayan entregado con la vivienda, y en buena lógica, una nueva copia de documentación si así lo hace saber.

Además debe tener en cuenta que los CEE tienen caducidad; normalmente la validez es de 10 años.