Buenos días Lorena te comento lo siguiente, espero que te sea de ayuda:

1) Qué exige la norma y qué te ha dicho la AEAT.

La deducción por obras de mejora de la eficiencia energética exige aportar dos CEE (antes y después de la obra) expedidos y registrados conforme al RD 390/2021.
La AEAT te niega la deducción porque el CEE previo fue emitido el 18/10/2021 y registrado en la Junta de Castilla y León el 09/05/2022. Invoca el art. 6.6 del RD 390/2021, que dice que para que el CEE tenga validez debe estar debidamente registrado y que el plazo de presentación será el fijado por la comunidad autónoma y, en su defecto, de un mes desde la emisión. Como CyL no fija plazo específico, la AEAT aplica el mes “supletorio” y concluye que no se cumple.

Es muy importante saber porque no se realizo el registro o presentación en el plazo de un mes desde su emisión, o en tu caso si desconocías que no estaba registrado y porque se procedió a registrar transcurrido tanto tiempo.

2) Es defendible la deducción.
Sí, es defendible. Hay dos argumentos técnicos de fondo:
Validez del CEE por estar registrado. El art. 6.6 condiciona la validez a que el CEE esté registrado, pero no declara la nulidad automática por registrarlo fuera de plazo; la consecuencia típica del retraso es sancionadora en el ámbito energético, no la inexistencia del CEE. De hecho, la propia Junta lo admitió y registró (acto administrativo válido), lo que refuerza su eficacia jurídica.
Finalidad del requisito fiscal. Lo que persigue Hacienda es poder comparar una situación previa y posterior. En tu caso, el CEE previo se emitió antes de las obras y ambos CEE constan registrados (2022 y 2023). La finalidad material se cumple. Negar la deducción por un retraso formal ajeno al contribuyente cuando la Administración sectorial aceptó el registro es discutible y puedes recurrir.
Qué puedes hacer ahora:
Si lo que has recibido es Propuesta de liquidación en comprobación limitada → 10 días hábiles para alegaciones.
Si ya es Liquidación provisional → 1 mes para recurso de reposición o reclamación económico-administrativa (TEAR).
En el escrito que presentes, pide la anulación de la regularización y mantén la deducción.

Documentación a adjuntar:
CEE previo (PDF) con fecha de emisión y justificante de registro de CyL.
CEE posterior a las obras y su registro (2023).
Acreditación de que CyL no fija plazo propio (si puedes, breve nota o certificado del registro/FAQ oficial).
Hoja de encargo y comunicaciones con el técnico (para explicar que él gestionaba el registro).
Presupuesto/facturas de las obras y justificantes de pago.

3) Puedo “subsanar” en la Junta de Castilla y León.

No puedes cambiar retroactivamente la fecha de registro ni “rehacer” el asiento.
Lo que sí puedes pedir es:

Certificación literal del registro donde conste que el CEE fue emitido el 18/10/2021 y admitido y registrado por la Junta el 09/05/2022.
(Opcional) Un informe/nota del propio registro indicando que la inscripción tiene validez y que la Junta no rechaza registros extemporáneos por razones de plazo. Esto refuerza tu recurso ante la AEAT.

4) Puedo reclamar responsabilidad civil al técnico...?
Sí, es posible, si se dan estos elementos:
Encargo: que en la hoja de encargo o en los hechos conste que el técnico asumió tramitar el registro del CEE (actuar en tu nombre).
Incumplimiento: registró fuera del mes sin causa justificada.
Daño: pérdida de la deducción (9.000 €) + intereses (300 €) y, en su caso, costes del procedimiento.
Nexo causal: que la denegación se deba únicamente a ese retraso.

Matices importantes:
Primero intenta salvar la deducción por la vía tributaria (tus probabilidades son razonables).
Si finalmente Hacienda confirma la regularización, entonces la relación causal con el retraso del técnico se refuerza.
El técnico suele tener seguro de RC profesional. Envía burofax de reclamación (interrumpe la prescripción).
Plazos: en principio, la acción contractual prescribe a los 5 años desde que conoces el daño y puedes ejercitar la acción (art. 1964 CC).
5) Estrategia práctica (paso a paso)
Presenta alegaciones/recurso en plazo, con los argumentos del punto 2 y la documentación de apoyo.
Solicita al Registro de CyL el certificado literal del asiento del CEE previo (y, si es posible, una nota sobre que la Junta no invalida por extemporaneidad).
Burofax al técnico y a su aseguradora dejando constancia de los hechos y reservándote acciones por los perjuicios, sin renunciar al recurso tributario.
Si el TEAR/AEAT estima tu recurso, cierras el tema. Si desestima, valora recurso contencioso y, en paralelo, sigue con la RC al técnico.
Modelo breve de alegaciones (esqueleto)
Hechos: fechas de emisión y registro; existencia de CEE posterior; ejecución de obras.
Fundamentos:
a) RD 390/2021, art. 6.6: validez condicionada al registro, no a su oportunidad; la Junta admitió el registro → acto válido.
b) Requisito fiscal: “expedidos y registrados” → cumplido; la finalidad comparativa entre CEE se cumple.
c) Principio de proporcionalidad y buena fe: no procede denegar una deducción materialmente cumplida por un defecto formal subsanado y no imputable al contribuyente.
Petición: anulación de la regularización y mantenimiento de la deducción.

Conclusión
Subsanar la fecha en CyL: no es posible.
Defender la deducción: sí, con base sólida (registro existente + finalidad cumplida).
Reclamar al técnico: viable si finalmente pierdes la deducción; inicia ya burofax para dejar constancia e interrumpir plazos.
Espero haberle resuelto sus dudas. Un saludo.