Buenos Días, Ricardo: El primer paso que debe dar es informarse en la oficina municipal de distrito. Pida cita con un informador urbanístico para que le aclare que normativa afecta actualmente a su caso. Por lo que expone supongo que es un caso aplicable de Propiedad Horizontal. Si hubo dos viviendas antes de la unión, en principio no debería haber problemas en volver a la situación original. El tema de regulación urbanística es uno. y el Registro de la Propiedad es otro. Por ello le recomiendo que se informe primero en el ayuntamiento que le corresponda sobre si le afecta normativa urbanística y/o como solucionarlo. Una vez tenga esto realizado, el tema del Registro y Catastro se soluciona bien,
Espero haberle ayudado

En principio no deberías tener problemas, pero deberías consultarlo en la Junta de Distrito. Tan importante como eso es que consultes los Estatutos de la Comunidad. Si no te lo permiten podrías hacer una división horizontal de la vivienda con una única puerta y un vestíbulo común que diera a las dos. Pero como te digo consulta las dos cosas.
La distancia con el edificio próximo no debería ser problema ya que viene de un planeamiento anterior. De todas formas consulta en la Junta de Distrito si hay abierto algún expediente de infracción urbanística, que me extrañaría mucho.